Materialien, die in einem Parr Hydrierapparat behandelt werden sollen, werden in einer Reaktionsflasche mit Katalysator versiegelt und an einen Wasserstoffvorratstank angeschlossen. Etwaige Luft wird entweder durch Evakuieren der Flasche entfernt oder durch Wasserstoffspülung verdrängt. Anschließend wird der notwendige Druck aus dem Wasserstoffbehälter bereitgestellt und die Flasche kräftig geschüttelt, um die Reaktion in Gang zu setzen. Falls nötig, kann die Flasche auch während des Prozesses erwärmt oder gekühlt werden. Wenn die Reaktion den gewünschten Punkt erreicht hat, wird die Schüttelvorrichtung angehalten. Im Anschluss wird die Flasche entgast, und das Produkt und der Katalysator können entnommen werden.