Bei der Metrosep A Supp 16 - 100 in der Microbore-Ausführung werden durch den kleineren Innendurchmesser tiefere Flüsse angewendet. Dadurch verringert sich der Eluentenverbrauch drastisch. Die Verweilzeit der Ionen im Detektor verlängert sich und dementsprechend erhöht sich die Empfindlichkeit respektive die Peakfläche (bei gleicher Probenmenge). Die Microbore-Trennsäulen werden zusammen mit dem MSM-LC eingesetzt. Die 2-mm-Trennsäulen Metrosep A Supp 16 sind mit demselben Material gepackt wie die entsprechenden 4-mm-Trennsäulen. Die kurze Version dieses Säulentyps ermöglicht äusserst schnelle Trennungen.
Sehr gut geeignet ist die Säule bei Anwendungen, die eine hohe Ionenbelastung aufweisen, aber nur relativ geringe Auflösung erfordern. Durch den geringen Eluentenfluss eignet sich diese Säule besonders für die IC-MS-Kopplung.