Das Herzstück der Maschine ist das Wasserbad zur Dichtetrennung. Es verfügt über einen stufenlos regelbare Propeller, mit dessen Hilfe die Strömungsgeschwindigkeit im Bad eingestellt wird. Somit kann auf die Trenngrenze der Separation je nach Materialzusammensetzung Einfluss genommen werden.
Das zu behandelnde Stoffgemisch wird über die Vibrorinne in den Aufströmbereich der Maschine aufgegeben. Hier wird das Material nach der Dichte getrennt. Die Schwerfraktion sinkt ab und wird mit der seelenlosen Schnecke ausgetragen. Das schwimmfähige Material wird mit dem Wasser in die Trommel übergeben, dort gewaschen, entwässert und auf das Gurtförderband übergeben. Durch die Gestaltung des Vorklärbehälters unter der Waschtrommel wird die Fließgeschwindigkeit des Wassers reduziert, sodass sich Störstoffe am Behälterboden ansammeln und kontinuierlich mit einer Sandschnecke aus dem System ausgeschleust werden.
Der HDS-M wird genau wie die anderen beiden wasserbasierten Dichteseparatoren, HDS-S und -L, hauptsächlich in Kompostsiebüberlauf und Baumischabfall betrieben.